在解放初期的镇反运动中，毛泽东规定的杀人指标是千分之一。习仲勋在给中共中央和毛泽东的请示报告中说：西北地区有民族和宗教问题，应该更加宽大，建议在西北把镇反方针修改为“宽大与必要的镇压相结合”，建议将杀人指标减少一半，减为占总人口的千分之零点五。毛泽东批准了习仲勋的请示报告。后来，在实际执行中，西北地区的杀人数字在千分之零点四左右。这就是说：西北比全国其他地区少杀了60%的人。青海著名的千户项谦，一再发动暴乱。青海省的军政当局准备派五个团去镇压。习仲勋说：绝不能打，藏民是游牧民族，游而不定，你把军队开去，他就跑散了，军队一走，他又集合起来暴动。他对当时的青海省委第一书记张仲良说：不能打。请喜饶嘉措大师去做工作。喜饶嘉措是藏传佛教的经师，藏学大学者，中共把他安排为青海省政府副省长。果然，喜饶出面劝说，多次暴动的项谦就不再造反了。后来，毛泽东在中南海当面表扬习仲勋说：“仲勋，你真历害！诸葛亮七擒孟获，你比诸葛亮历害。”

    习仲勋干的第二件反左大事是冒着第二次被打倒的风险，请缨创办深圳特区。    因为小说《刘志丹》案件，康生诬指习仲勋为“黑后台”，毛泽东认定是“利用小说反党”。一九六二年九月中共八届十中全会习仲勋被撤销副总理职务，在洛阳矿山机器厂劳动改造十六年。平反后，一九七八年～一九八○年，习仲勋出任广东省委第一书记兼任广州军区第二政委。

    一九七八年和一九七九年上半年，广东发生了群体性偷渡外逃香港的风潮。一九七九年一至五月，全省偷渡外逃人数高达十二万人，逃出的近三万人。大陆和香港边界线很有点像德国柏林墙。一九七八年香港农民收入与宝安农民收入的比例为30：1。宝安人均收入每年都在一百元左右。偷渡出港的劳动力一个月能赚一两千元，寄个零头回家都比村里集体分配多，又有侨汇优待，两三年的汇款就能建座小洋楼。社会主义的优越性全在报纸上，在大喇叭里。老百姓用脚投票，要离开社会主义，投向资本主义。
    一九七八年七月，习仲勋轻车简从，到问题严重的宝安考察。站在中英街上，他看到香港那边高楼林立，车水马龙，宝安这边茅篱草舍，冷落萧条，心里感到很难受，就对陪同考察的宝安县委书记方苞说：“解放快三十年了，那边很繁荣，我们这边却破破烂烂。”正是这种强烈而鲜明的感性认识，让习仲勋对问题的根源有了明确的判断：制止群众性外逃的根本措施，不是增加边防哨卡的兵力，不是加固铁丝网，不是把外逃的人抓回来严刑峻法，是改变大政策，发展经济，提高群众生活水平，而不要管什么“主义”，不要问“姓社姓资”。

    一九七九年四月，习仲勋到北京参加中央工作会议。他在会上提出：“我代表省委，请求中央允许在毗邻港澳边界的深圳、珠海与重要的侨乡汕头市各划出一块地方，搞贸易合作区。”他还语出惊人地说：“如果广东是一个独立的国家，可能几年就搞上去了，但是在现在的体制下，就不容易上去。”搞深圳特区，不是先有中央的决策，习仲勋紧跟执行，是习仲勋主动请缨，中央采纳了他的意见。邓小平给的精神是：“中央没有钱，你们自己去搞，杀出一条血路来！”
    只有对几十年左的一套有清醒认识，不怕右，不怕当走资派的习仲勋，有这个胆识和魄力创办特区。深圳特区是在“复辟资本主义”的攻击声中发展起来的。某元老到了深圳，痛哭流涕地说：“只剩下一面五星红旗，全都资本主义化了。”但深圳的GDP却从一九七九年的不到2亿元（19638万元），增长到二○○九年的8201亿元。增长4100倍。私有制一合法，就产生了这么大的威力。改革开放三十年，深圳从一个贫困落后的边陲小镇发展成为一座繁荣优美的新型现代化城市，实事求是地说，是在共产党领导下，把对面香港那一套搬过来了。所谓中国特色社会主义，就是共产党执政，发展资本主义。现在，深圳人不往香港跑了，香港人到深圳创业安家了。

    习仲勋干的第三件反左大事，就是维护党章的尊严，跟老人们拍了桌子，反对非法撤换总书记胡耀邦。

    一九八六年年底，安徽﹑上海﹑北京相继闹起学潮。十二月三十日，胡耀邦提议召开政治局常委会，讨论书记处拿出的关于当前时局的处理意见。邓小平发脾气，摔电话，拒不到会，令胡耀邦到他指定的地方去谈话。
    一九八七年元旦，北京学生又爆发一场大规模的游行示威。元旦之夜，在邓小平家里，陈云﹑彭真﹑王震﹑薄一波紧锣密鼓地策划宫廷政变。胡耀邦还蒙在鼓里。三个月以前已在中共十二届五中全会上离开中共书记处的习仲勋，凭政治敏感已觉察到危机迫在眉睫，新年造访胡府，寒暄之后提醒说：“耀邦啊，我在为你担心！”胡耀邦不在意：“我吗？不会有什么，党毕竟已经成熟了。”
    当天夜里，胡耀邦办公桌上的红机子响起，是赵紫阳打来的：“耀邦，你现在干什么？”胡耀邦说：“还在研究学潮问题，我试图寻找一种更稳妥的解决当前危机的新路子。”赵说：“我劝你先别忙着干别的，还是马上找小平同志谈一谈，向他承认错误，检讨一下自己工作中的失误，争取主动为好。”胡耀邦说：“我并没有犯什么错误，你让我检讨什么？”赵紫阳急了：“耀邦同志，现在党内在一些重要问题上产生了分歧，小平同志是众望所归的政治家﹑军事家，我们应该尽量地尊重他。你常常讲，我们党再也经不起穷折腾了，你难道愿意看见我们党再面临一次分裂?”“再拖几天就晚了，你还是尽快向小平同志认个错，越快越好！”

    第二天，胡耀邦按照赵的建议，求见邓小平。谈到分歧时邓小平摆摆手说：“那都是工作中的正常范围，我们之间没有必要再纠缠了。我打算召开一次中央生活会，有什么问题大家摆在桌面上来谈，好好沟通一下思想嘛。”
    只隔了一天，胡耀邦就接到中央顾问委员会的通知，到中南海小会议厅参加“生活会”。这个所谓“生活会”是政治局之上的政治局，常委之上的常委。会议由中顾委副主任薄一波主持，他一开始就要求胡耀邦作“深刻检讨”。耀邦只讲了一两分钟，彭真就打断他的话，批判耀邦同自由化代表人物方励之﹑刘宾雁﹑王若望“打得火热”。杨尚昆接着说：“如果你想亡党亡国的话，那你就去和资产阶级自由化分子结成联盟吧。”王震说：“你胡耀邦要是不愿意和我们走的话，你不必待在这里了。”薄一波说：“耀邦整天到处乱跑，全国二千多个县你都快跑遍了。你是党的历史上几位主席﹑副主席﹑总书记能跑的最高纪录。这不叫指导工作，而是游山逛景，哗众取宠。”
    邓小平说：“耀邦召集政治局常委会，让办公厅的人通知我参加，我偏不去！我在别人面前不敢摆架子，在你面前还是有资格的。”宋任穷说：“我最不能容忍的是胡耀邦对待小平同志的态度。”作为总书记胡耀邦，通知常委邓小平参加常委会，竟成了大逆不道。

    两天以后召开第二次“生活会”，政治局又有几个人被邀请参加会议，其中有习仲勋﹑乔石﹑李鹏﹑胡启立。    李鹏先发言，他说：“由于耀邦同志放松思想领域里的领导权，导致了自由化思潮在各高校的大泛滥。”接着，薄一波、彭真要求耀邦辞职，王震认为彭﹑薄的意见代表了大多数同志的想法。
    只见习仲勋大义凛然，站出来指着薄一波、彭真、王震说：“你们这是干什么？这不是重演《逼宫》这场戏吗？”他拍了桌子：“这不正常！生活会上不能讨论党的总书记的去留问题，这是违反党的原则的。你们开了这样的头，只会给将来党和国家的安定团结埋下祸根。我坚决反对你们这种干法！”耀邦急忙站起来劝说：“仲勋同志，我已考虑好了，不让我干我就辞职。”

    胡耀邦晚年体会到世态炎凉，对习仲勋将个人沉浮置之度外的支持视为十分难得的友谊，铭刻在心。
    习仲勋一九八八年四月被选为七届全国人大常委会副委员长。一九九○年一次全国人大常委会议上，指名批评对反腐败的学生运动诉诸武力的邓小平和杨尚昆。
    习仲勋一辈子没犯过左的错误，没整过人，连“墙倒众人推”的事都不干，而且反潮流拍案而起，仗义执言，这是难能可贵的。希望我们党内，习仲勋式的干部逐渐多起来。