在中国传统建筑群里，宝蕴楼显得十分独特，因为它是按照西洋建筑的样式建造的，总建筑面积为1646.9平方米。1913年，北洋政府决定将沈阳故宫及河北承德避暑山庄所藏文物运到北京，当时京城缺乏保管文物的地方，所以临时决定在故宫原来的咸安宫旧址上建造一处库房。当时内务部和外交部协商后决定，从庚子赔款中拨出20万元建楼以存放文物。宝蕴楼始建于1914年6月，一年后全部竣工并交付使用。史料记载，1915年入藏该楼的文物有3150箱，达23万多件。由于当时存放的文物多是金石玉宝和珍贵密集，价值不可估量，宝蕴楼因此得名，其石制匾额就在北楼正面。宝蕴楼共有北、东、西三座砖木结构的单体楼房，采用封闭周边式布局，围绕咸安宫旧址的北、东、西三面，与咸安门形成围合。

故宫提供的材料显示，3座楼均为地上两层，下部有半截地下室。北楼是主楼，不仅建筑面积大，而且外观也十分别致，左右对称的东西两楼是辅助设施，连接主楼与副楼之间的两层外廊，是以白色的栏杆和廊柱构成的空透走廊。从外观上看，三座楼均采用城砖砌筑墙身。外墙面抹饰水泥，并划出规整的矩形格，再刷红浆。窗子窄长，所有窗户的线脚均饰白色，与红色墙身恰成对照。门窗均为双层，外层为铁门铁窗。

故宫工程管理处处长尚国华介绍，宝蕴楼最初修建是为了保存文物，随着国家分批次将文物调拨给相应的博物馆，宝蕴楼内已被清空。

2013年底，宝蕴楼展开为期一年半的修缮，以解决屋顶漏雨、外墙剥落朽等问题。2015年10月，北京故宫博物院将迎来90岁生日，百岁的宝蕴楼首次对外开放，重张后宝蕴楼被辟为故宫博物院院史陈列馆和博士后科研工作站本部。

2015年，故宫原创话剧《海棠依旧》在宝蕴楼演出。除了演出外，宝蕴楼内还曾举办故宫食品品鉴会等活动。