据薄一波的回顾，周恩来虽然在中共建政后一直是中国的大管家，但他的总理职务并不是坐得很稳当。1952年8月，各中央局和大区行政委员会主要领导相继进京任职，当时有“五马进京，一马当先”之说。这当先的一马就是高岗，他以中央人民政府副主席的身份兼任国家计划委员会主席进京，计委因此有“经济内阁”之称，不属周恩来的政务院（即国务院）管辖。
        1953年春，薄一波组织财政部出台新税制后，因“事先没有报告中央”等原因而受到严厉批评。不久，毛泽东又认为政务院犯了分散主义的错误，强调要加强中央对政府工作机关的领导。此后，经济计划工作和8个工业部由高岗负责，而周恩来事实上只负责外交事务。在高岗次年初受到整肃后，周恩来的总理权力才又得到恢复。
       1956年，周恩来提出“反冒进”再度令毛泽东不快。当时周恩来和刘少奇等人认为经济建设中出现了不切实际的高指标现象，提出稳健的发展思路，但与毛泽东的意思相左。据薄一波记载，毛泽东在1958年1月的南宁会议上特别表扬了柯庆施的文章《乘风破浪》，“16日，毛主席在大会上再次拿出柯文，当众对周总理说：‘恩来同志，你是总理，你看，这篇文章你写得出来还是写不出来？’周总理回答：‘我写不出来。’”
        从1957—1958的一年半时间内，毛泽东批评“反冒进”，仅薄一波在书中披露的就有：1957年9、10月间的中共八届三中全会，11月13日的《人民日报》社论，12月的杭州会议，点了周恩来的名；1958年1月的南宁会议，2月的政治局扩大会议，3月的成都会议，4月的武汉汇报会，5月的八大二次会议，5月致政治局扩大会议的信。毛泽东批评说：“不要提‘反冒进’这个名词，这是政治问题。一反就泄了气，6亿人一泄气不得了。”“右派把你们一抛，抛得跟它相距不远，大概50米远。”
        周恩来只得不断检讨，在南宁会议、成都会议、中共八大二次会议上都作了公开检讨。毛泽东不但对周恩来前两次检讨不满意，而且不许周恩来秘书帮助写检讨，以至于周恩来在写检讨的10多天内，两鬓的白发又增添许多。
        中共建政之后，周恩来除了总理一职，还兼任外交部长。到了1958年2月，外长一职由副总理陈毅接任。同年5月的中共八大二次会议上，毛泽东在讲话中提出要防止闹分裂的话，周恩来便提出要中央考虑他当总理适宜不适宜的问题。在政治局常委开会讨论时，常委们都挽留他，只有毛泽东没有说挽留，也没有说不挽留。
        事后，中共中央决定成立财经、政法、外事、科学、文教5个小组，各有专人负责，周恩来的权力被大大消减。到了大跃进期间，周恩来实际上失去了对经济工作的发言权。
         1956年1月，中共中央召开知识分子问题会议，周恩来代表中央发表讲话，强调知识分子已经为社会主义服务，已经是工人阶级的一部分。之后，在1962年3月的广州会议上，以及人大二届三次会议上，周恩来都认为知识分子“属于劳动人民的知识分子”。
        尽管周恩来的发言是代表中央的，但1956年的中共八大仍然有“资产阶级知识分子”的提法。1957年3月，毛泽东在全国宣传工作会议上再次说知识分子“世界观基本上是资产阶级的，他们还是属于资产阶级知识分子”。
        1962年，周恩来的报告就被有些人质疑，当他要毛泽东就此表态时，毛泽东没有说话。但是据薄一波记载，在同年10月的北戴河会议上，毛泽东很不客气地说：“资产阶级知识分子有些阳魂过来了，但是阴魂未散，有的连阳魂也没有过来。”
        而周恩来当时也显得比较强硬，薄一波记载，周恩来在1962年10月11日的中央书记处会议上说：“对知识分子，说我们提倡劳动人民的知识分子是没阶级分析，我是代表党作报告的，是党批准的，不是我一个人起草的，少奇在宪法报告上讲过有工人阶级知识分子，劳动人民知识分子，资产阶级知识分子。我不认为我在广州会议上讲劳动人民知识分子有什么错误。”