在2012年8月3日，享有很高国际声望的科学刊物《自然》发表记者Ewen Callaway的新闻报道，称叶诗文成绩异常，而目前药检并不能查出所有可能的用药。此文引起海内外大批学生、学者的愤慨。很多人致信《自然》，指出Callaway搞错事实、歪曲真相。《自然》经过调查后，承认Ewen Callaway的报道有失公允，发表公开道歉书，向读者和叶诗文本人进行道歉。

道歉书的落款者是《自然》杂志的杂志总编阿彭泽勒和总主编坎贝尔。道歉书中称，他们本来想用科学帮助解决关于叶诗文的争议，但他们没有很好地解读那些数据，在没有科学依据的情况下，将叶诗文的成绩描述为‘反常’，这在一定程度上误导了读者，也给叶诗文造成了不良影响，他们因此向读者和叶诗文本人道歉。

此外，《自然》还主动张贴了一封来自宾夕法尼亚大学学生睐江质疑Ewen Callaway报道的信件，该质信件从六个方面有理有据、条理清晰地论证了Ewen Callaway的谬误。

睐江在信件中称他本来非常相信《自然》杂志，但是读了《自然》杂志对叶诗文的报道后，他对“最有名望、最有影响力”的自然科学杂志扭曲事情真相的行为感到很失望，他还对《自然》杂志记者Ewen Callaway的报道提出了六点质疑。编译如下：

第一、Callaway报道中说叶诗文在伦敦奥运会的成绩比2011年上海世锦赛的成绩快了7秒，认为这样的进步让人“无法相信”。但是，叶诗文的个人最好成绩是2010年亚运会游出的4分33秒79，比伦敦奥运会上的成绩快了5秒38，而不是Callaway宣称的7秒，这就从一方面证实了Callaway论证的不科学、不严谨。

第二、叶诗文本身现在只有16岁，对于一个快速成长的少年来说，成绩在两年内大幅度提高不是不可能，而Callaway仅凭主观臆测就认定这样的提高是“异常”的，这样的结论是毫无根据的，也是一种不科学。

第三、Callaway将罗切特和叶诗文最后50米的速度进行比较的方法本来就不科学。罗切特在最后50米确实比叶诗文慢，但他前300多米一直处于领先位置，已经耗用了很多的体力，而叶诗文在前300多米一直落后，最后的100米的自由泳又是她的强项，难道叶诗文的最强项就没法就一定比男选手非强项差吗？从这样的角度来说，叶诗文最后50米比罗切特快不是没有可能，因为双方当时的具体情况本来就不一样。Callaway不考虑实际情况，直接从“女人怎么可能跑得比男人快”的角度切入，用先入为主的形式向读者暗示这是完全不可能发生的事，这本身就是一种不科学。

第四、再从另外一个角度论证将罗切特与叶诗文进行比较本身就不合理。事实上，在男子400米混合泳比赛的最后50米，有4个男游泳运动员游得比罗切特（29.10秒）和叶诗文（28.93秒）要快，他们分别是：日本的萩野公介（28.52秒）、美国的菲尔普斯（28.44秒）、日本的堀畑裕也（27.87秒）和澳大利亚的福尔摩斯（28.35秒）。罗切特随是冠军，但这不能证明他任何时候的速度都是最快的，Callaway的论证方法完全没有科学严谨性，这是一种悲哀。

第五、Callaway直接引用了罗斯塔克的话，暗示读者药检通过也不能排除服用兴奋剂的可能，这种行为本身据很可笑。《自然》难道是想通过这样的方式告诉我们药检的不可信吗？如果是这样的话，我想在《自然》上刊登的学术论文有很多都应该撤回。看完Callaway写的文章，我们可以理解成他认为所有的运动员都可能服用兴奋剂，Callaway从始至终都没有拿出叶诗文服用兴奋剂的证据，他凭什么质疑叶诗文呢？

六、Callaway为了达到抹黑叶诗文的目的，一直都在强调药检不可靠，称“几乎没有人未通过奥运会药检”。而世界反兴奋剂机构已经证实，本届参加奥运会的运动员早在开幕式前六个月就已经进行药检，其中共107名运动员被查出使用兴奋剂。这难道就是Callaway所说的“几乎没有人未通过奥运会药检”吗？Callaway的论证未免也太不合理了。