當時發展新教育的困難是很多的，譬如合格的師資、教學設備和經費都極其缺乏，其中尤以師資問題最令人頭疼。據後來的統計，當時大學及高等、專門學堂的教師，日本留學的占三分之一，出身科舉的占四分之一；而中等學堂裏出身科舉的教師則占到三分之一，小學堂更是占到一半左右。師資教育背景的限制，加上大多數學堂都是在原先的書院基礎上建立，新政時期的教育也就難免帶有傳統教育的頗多痕跡了。
　　為了解決西學人才的匱乏問題，清廷隨之大力提倡留學教育，並對學成回國經考核合格的留學生分別賜給進士、舉人、貢生等相應出身，在用人的時候予以優先任用，一時間使得海外留學掀起了熱潮。張之洞在《勸學篇》中也極口稱讚留學外國的作用大，說“出洋一年，勝於讀西書十年”，“留學之國，西洋不如東洋”，因為“路近費省，文字易曉，西書多已刪繁存要；中、日情勢風俗相似，不難仿行”。在張之洞的影響下，當時人出國留學的首選地便是日本。由此，日本留學的人便開始激增，1905年的在日留學生達到數千人，第二年甚至接近一萬，因為人數增加過快，有三千多人甚至無法正常入學。