满人入关后，而起义者皆为江南人士，抗清最强烈的地方是浙江（浙）、福建（闽）、两广，其中两广之抗清是张献忠、李自成的余党所为，与浙闽不同。浙闽抗清皆?本地人民义军，闽之战争最?剧烈，所以遭受到更大的杀戮，同时也让闽人更是反清，这与洪门天地会的秘密组织有极大的关?。所以洪门由台湾传至福建，再由福建传至浙江，又至江苏、江西、广东、广西。满清政府为授于更强力打压福建，所以让闽督兼统浙地。
在流传至广东时，为避满人之猜忌，将洪门天地会改名为三点会，即是将洪字的水部，取名三点会，号曰「三点」，但觉得无法将洪门之意表达出来，所以改为「三合会」。后来太平天国的洪秀全即运用三合会的力量来进行反清革命。后来太平天国的洪秀全即运用三合会的力量来进行反清革命。以后再演变洪门进入湖南，进入湘军之中成为「哥老会」，再分出成「潘门」又称「潘家」、「庆帮」。天地会流传极广故其他尚有名称如「清水会」、「匕首会」、「双刀会」、「小刀会」、「红旗会」、「剑仔会」、「八卦会」、「添弟会」、「致公堂」、「红帮」、「胞哥」等名称。清初具有汉民族思想的人，常喜欢用红、赤、殷、丹等字，因这些字是来代表明朝皇帝的朱姓。
洪门天地会至今有三百多年，仍然存在民间及海外华人，究其道理是因洪门有组织及严格规约。在施琅攻台时（一六八三年），郑克?将其祖父郑成功开山（金台山）立堂（明远堂）有关洪门天地会中的文件、名册、印信等装入铁箱密封，沉入海底，到了一八四八年（清道光二十八年）事隔一百六十六年后，在福建有洪门弟兄郭永泰从渔人手上获得，加以修改，定名?「海底」，又名「金不换」。
洪门之组织之优点是有纵横系统，如在职位名称上有龙头、坐堂、执堂、心腹、巡风到么满的纵列，又有「言谈」、「手势」等的横向系统。即使第一见面的洪门弟兄，一见手势动止，一闻「春典隐语」，一说「花亭结义」，则是兄弟也，即是生死之交，若原有仇恨也化?玉帛。这种纵横系统，言谈隐语、手势均是洪门博学之士所编造的，在世界上并无其他任何秘密组织所能项背。

「金台山」明伦堂也是第一山堂，其根本交结条是：
会合贤能郑成功，文武全才兴汉留，
据守台湾称将领，部?勇武抗清兵，
天下英雄风云会，金台山堂首创立，
军中誓盟结仁义，同心协力把汉留。

郑成功的兵官洪旭，原本到杭州投潞王，但潞王降清，於是再投靠郑成功，成?十分依重的将领。
洪旭门人蔡得忠、方大洪、捐德帝、李式开、马超兴五人，都成了郑成功的部将，后人尊?洪门「前五祖」 。
洪门组织对入会无资格限制，仅须有介绍人，加入后彼此以手足相待，很适合江湖豪杰所需，虽是秘密组织，但发展迅速，由台湾延伸至中国。
郑成功死后，洪门会章传程下去，横渡台湾海峡至大陆，传及大江南北，台湾清领时间有朱一贵在康熙六十年起义，七日即?领全台湾，就是借洪门天地会的力量。戴春潮、林爽文等的武装反清组织也是洪门的组织。
洪秀全在广西金田村举兵称太平军，成立太平天国，得力於三合会， 三合会是洪门天地会别名之一。
孙中山的革命事业，在檀香山时，由三合会首领介绍入会，并开立山堂，改组致公堂，创立兴中会，山名大陆山。孙中山的「孙文学说」上说：「…迨至康熙之世，清势已盛，而明朝之忠烈亦死亡殆尽，二、三遗老见大势已去，无可挽回，乃欲以民族主义之根苗流传后代，故以反清?明之宗旨结?团体，以待后有起者可藉?资也。此乃洪门创设之本意也。」
以下是洪门常用对联：
共结同盟真心，同谋大事密斟酌！
天地开辟以来兄弟永合，风云会合之际忠义常存，
洪气一点通达五湖四海，宗发万枝到处三合横通！

忠义堂前无大小，不欺富贵不欺贫！
有头尾真君子，存忠存孝大丈夫！
有一点忠心方可结拜，无半丝义气何必联盟！
入洪门非亲非故，到此地无义不来！
非亲有义须当敬，是友无情切莫交！
天地会：
天地会分支有洪门，青帮，白门三大支派，所以有洪门莲花，青帮绿叶，白门白莲藕之说。清前期1682年郑氏失败后。?清初反满统治的地下组织；五祖创立洪门。台湾首先成立「金台山」，命自金台招贤之意，参加者皆是手下将士。凡同盟者均曰「洪门」，门是家门，故称洪家，既是一家，所以入会者不论职位高低均互称兄弟。洪门素以「桃园」义气、「瓦岗」威风?号召，所以有「兄不大弟不小」，?一平等组织。不同时期有不同之传说：
郑成功退守台湾（郑经和郑克?）至1683年前，以「汉留」?代号，成立了〈留在中土之组织〉，派五名将领往南中国开山立堂，由参军陈永华（化名陈近南）先生留在中土主持。陈?台湾派驻中土之最高指挥，率领各个山堂。陈永华在湖北曾居襄阳城南「白鹤洞」，号「白鹤道人」，籍传道?名，游?四方，联络仁人义士。「白鹤仙师」的图像即代表汉留组织的标丈。台湾有很多地方，现在都有供奉白鹤仙师或鹤母等风俗。
天地会失败后（清前期，1683年后），康熙清剿南方福建及广东之反清组织，他们是由「洪门五祖」蔡德忠、方大洪、马超兴、胡德帝、李式开等成立的。此时在民间以「洪门」之名与地方联合组织了地下社会，主要在闽、粤、浙及台湾出现。