他一生“两个最大的闪光点”：一是早年跟随刘志丹创建陕甘边根据地；二是带领广东在改革中“杀出一条血路”。
    1978年，赴任广东不久，习仲勋收到市民来信，里面装着无法兑换的五毛钱的鱼票。时任广州市越秀区区委书记的朱森林后来回忆，这件事极大地刺激了习仲勋。
    靠海却无鱼可卖，这是习仲勋主政初期面临的现实之一。当时“文革”浩劫刚过，广东物品奇缺，农业凋敝，工商不振，冤假错案成堆，每年偷渡逃港者数以万计。
   1978年3月，叶剑英与华国锋、邓小平交换意见后，中央决定派曾担任国务院副总理的习仲勋南下广东，出任省委书记。这是他被审查、关押、监护达16年之后的重新出山。
   从1978年4月到1980年11月，习仲勋主政广东共两年零八个月，“把守南大门”（胡耀邦语），发挥出惊人的能量。这段不长的时期，成为他“一生两个最大的闪光点之一”（秘书俞惠煜语）：一是早年跟随刘志丹创建陕甘边根据地；二是带领广东“杀出一条血路”，在改革开放中先行一步，同时为深圳、珠海特区奠基。
   反“偷渡外逃”。“怎么能把他们叫偷渡犯呢？这些人是外流不是外逃，是人民内部矛盾。”
   在卢荻看来，习仲勋上任初始面临的一个严峻形势，就是边境汹涌的偷渡逃港潮。卢荻是广东省党史研究室助理巡视员，《习仲勋主政广东》的执笔人之一。
1   978年7月，上任三个月后，习仲勋即前往宝安视察。在沙头角中英街，习仲勋看到，香港那边很繁荣，内地却破破烂烂。
    曾担任珠海市委书记的梁广大后来的一番话映照当时现实：“虽然我们的舆论整天宣传社会主义是‘天堂’，资本主义是‘地狱’，但是存在决定意识，老百姓看到在困难时期港澳同胞回来探亲穿得漂漂亮亮，还把一筐一筐的东西带回来，就不信。很多人趁刮风下雨的晚上，就往香港、澳门逃，冒着生命危险冲过去，非要往‘地狱’里闯一闯，非去‘水深火热’中泡一泡。”
1978年深圳农民的年收入是134元，虽然远高于广东全省农民人均收入77.4元，却与一河之隔的香港新界农民年收入13000元港币差之百倍。
    官方统计表明，从1952年至1977年，仅宝安有偷渡外逃行为的达62305人，其中逃出去40598人，占全县总人口近二成。有的公社，比如大鹏公社有三条村庄共34户117人全部逃光。
   此前1977年11月，广东省委已将此作为重大恶性政治事件，向正在广州视察的邓小平汇报。当时南方日报副总编张汉青回忆，反偷渡因为被当作敌我矛盾，“偷渡的人被叫作偷渡犯”。内部会议上，就逃港是政治原因还是经济原因存在争论，是习仲勋改变了以往的看法，他认为：“我们自己的生活条件差，问题解决不了，怎么能把他们叫偷渡犯呢？这些人是外流不是外逃，是人民内部矛盾。”张汉青认为，这一转变促成了认清、解决偷渡问题的正确途径。
    同时，广东省和港澳工委反复做工作，希望“港英当局改变此前所谓‘人道’做法”。从1980年秋开始，港府实施新措施，偷渡者到香港一律不发身份证，不准在香港居留，全部遣返内地。香港雇主雇用偷渡客者，罚款5万元（港币），坐牢一年。措施公布后，11月份广东偷渡外逃人员仅近百人。
习仲勋意识到，堵禁之外，发展生产，改善人民生活，尽快缩短与香港的差距，才是长久之道。在习仲勋的领导下，广东省委提出设立特区的设想，并经中央批准同意。
    1980年8月，特区条例公布后，当年曾参与筹建特区的原广东省委书记吴南生发现：“最令人感到高兴和意外的是，最困扰着深圳——其实也是最困扰着社会主义中国的偷渡外逃现象，突然消失了！确确实实，那成千上万藏在梧桐山的大石后、树林中准备外逃的人群是完全消失了！
  “平反冤假错案”“有两种可能，一种可能是我被挤出广东；另一种可能是把为地方主义等平反活动搞成。”
   当时，历次政治运动使得广东面临和全国一样的现实，大量冤假错案和历史遗留问题亟待解决。习仲勋以及随后到广东上任的杨尚昆被寄予厚望：因为习、杨本身就曾是受害者，同时据广东省原副省长杨立所著《古大存沉冤录》记载，“叶剑英表示，派出他们这两位资格老、吨位重的曾任中央重要职务的干部到广东，就是因为广东问题复杂，他两个可以压得住阵。”
   平反期间习仲勋立下极大的决心。有一次，古大存（“反地方主义”受害者，曾任广东省委书记）的夫人曾史文问习仲勋：“有人说你为‘地方主义’翻案，你知不知道？”习仲勋回答：“知道，有两种可能，一种可能是我被挤出广东；另一种可能是把为地方主义等平反活动搞成。”
   习仲勋按照中央的指示和实事求是的原则，主要依靠省纪委进行复查，对这些冤假错案大刀阔斧地逐一加以解决。其中，华侨、归侨和侨眷侨属因为有“海外关系”，在“文化大革命”等多次政治运动中受到迫害。1979年3月，广东省委常委扩大会议为他们平反昭雪。历史的吊诡在于，此后在广东的改革开放中，正是这些有“海外关系”者引来巨额外资，起到重要而积极的作用。
作为政治家，习仲勋自有其博大胸怀。卢荻说，在真理标准问题大讨论时，曾担任《人民日报》总编辑的吴冷西认为该报转载《实践是检验真理的惟一标准》是在“砍旗”，这和很早就表态支持该文的习仲勋意见相左。但事后，  “向中央要人，让吴1980年赴粤担任分管宣传和意识形态工作省委书记的，正是习仲勋。”卢荻说，习仲勋对事不对人，即使吴犯过错误，但不影响习仲勋惜才。
    主政广东期间，习仲勋还曾进行农业经济体制改革，把工作重点转移到建设上来，并推广“清远经验”，初步开展了价格、企业等经济管理体制的改革。
   这期间还发生“惠阳批评信事件”。1978年9月，习仲勋接到惠阳地区检察分院麦子灿的实名意见信。信中直言“我感觉你是一个爱听汇报，爱听漂亮话，喜欢夸夸其谈的人”，并提到自己此前反映过的“官司走后门”、“营私舞弊”问题一直没有回音。
    习仲勋很快回信，“表示诚恳接受，并决定将你的来信转发各地”，要求纠正缺点，改进作风，并委托省长刘田夫前往惠阳时与之面谈并解决问题。这些信件为新华社全文照发，“鼓励干部、群众大胆讲话，以便进一步发扬党内民主风气”。
 向中央要权
    广东如果这样搞，那得在边界上拉起7000公里长的铁丝网，把广东与毗邻几个省隔离开来。
    上任之初的宝安考察，使习仲勋感受到搞活地方经济的惟一出路在于发展经济、对外开放。
    卢荻认为，若非习仲勋，很难说有广东改革开放的先走一步。习仲勋有老一辈革命家的威信和地位，和中央关系熟稔，便于沟通，而中央也能对其有足够信任。中央支持、群众呼吁加上以习仲勋为班长的广东省委的提议，上下互动，方成大事。
    1978年四五月间，国务院派港澳考察组到港澳等地进行考察。考察组写出了一个报告，要求把珠海、宝安建成商品出口基地，这与广东省委的想法不谋而合。
   中央工作会议期间，当习仲勋、杨尚昆和刘田夫向邓小平等中央领导汇报提出给广东以更大的自主权，允许广东参照外国和亚洲“四小龙”的成功经验，大办出口特区时，想不到与会一位中央书记处书记当场大泼冷水。他说，广东如果这样搞，那得在边界上拉起7000公里长的铁丝网，把广东与毗邻几个省隔离开来。
    虽然有反对意见，但这个构想得到许多其他中央领导人的支持。邓小平对此非常赞同，并追溯陕甘宁的传统，提出“特区”的概念。
    当谈到配套资金时，邓小平说出了那句后来广为人知的话：“中央没有钱，可以给些政策，你们自己去搞，杀出一条血路来。”
    1979年7月15日，中共中央、国务院批准广东和福建两个省委的报告，决定对广东、福建两省实行“特殊政策、灵活措施”。
    习仲勋1992年回忆这段经历时，称自己当时的心情“一则以喜，一则以惧”：喜的是能在改革经济管理体制方面先走一步，惧的是担子很重，又没有经验，但“我们确信路是人走出来的”。
   1980年8月26日，中国经济特区正式诞生。两个月后，习仲勋、杨尚昆调回中央工作，任仲夷接棒成为广东省委第一书记。离任前的9月28日，中央下发会议纪要，其中清楚写明：“中央授权给广东省，对中央各部门的指令和要求采取灵活办法。适合的就执行，不适合的可以不执行或变通办理。”这是习仲勋、杨尚昆争取到的一把尚方宝剑，是留给发展伊始的广东的“遗产”。
此后，从广东起步，开放之潮从南到北，另一番天地逐渐开启。
   1990年退居二线后，他回到南国，“守着深圳关注它的发展”。除在珠海短住一阵，至去世前整整12年，他都在深圳度过。