本次軍改將實行了多年的軍委總部制改爲多部門制，減少管理層次，實行扁平化管理，強化軍委統一領導。從11月底到12月初，現有的四總部陸續召開會議，部署幹部調整、轉隸交接、調整組建等准備工作，展開工作、經費、人員等交接。

　　長期以來，中國軍隊最高層實行軍委總部制，在中央軍委之下，總參謀部、總政治部、總後勤部、總裝備部分別管理各項事務，四總部集決策、執行、監督職能于一體，權力過于集中，成了一個獨立領導層級，代行了軍委許多職能，客觀上影響了軍委集中統一領導。

　　總部改多部直屬軍委

　　因此，對四總部的改革是此次軍隊管理體制改革的關鍵和重點。根據改革方案，取消總部制，改爲實行軍委多部門制，作爲軍委辦事機關，從而確保軍委主導管理和建設。軍委聯合作戰指揮機構，通過戰區聯合作戰指揮機構，來指揮部隊，從而確保軍委的指揮權。單設陸軍領導機構，剝離總部代行的管理職能。將軍委紀委、軍委政法委、軍委審計署從原來的總部中劃出，重新組建，都直屬軍委，與多部門平行，並通過它們派駐紀檢組、審計機構，管理軍事法院、軍事檢察院，從而確保軍委的監督權。

　　綜合來看，軍委直屬的部門數量增加了，但普遍降低規格，且減少管理層面，實行扁平化管理，人員大幅精簡，效率提高，便于指揮。軍委將集決策、規劃、執行、評估等職能于一身，完善指揮、建設、管理、監督四大鏈路，切實強化軍委集中統一領導和軍委主席負責制。

　　交接工作經費人員

　　軍改會議後，四總部相繼召開會議，對落實改革任務進行動員部署。總參謀部召開的是“機關師以上幹部大會”，其馀三總部軍召開“黨委擴大會議”。交接工作成爲部署重點。

　　總參謀長房峰輝強調，要把抓改革舉措落地作爲第一位的政治責任，扭住宣傳教育、幹部調整、轉隸交接、調整組建准備等重點環節，搞好有關工作、經費、文件、人員、車輛、房地産清理歸檔安置移交。要努力適應全面改革新要求，盡快從原有體制運行模式轉變過來，保持戰備值班、信息保障、重要工作、安全管理、作風建設不斷線。

　　做好調整組建准備

　　總政治部主任張陽指出，這輪改革是對軍隊組織形態的重塑，是一場整體性、革命性變革。要落實總政肩負的改革任務，做好調整組建准備，組織有關部門和單位的轉隸交接，加快轉變職能、轉變作風、轉變工作方式。總政機關要帶頭講政治、顧大局、守紀律，正確對待利益調整，堅決服從和執行組織決定，嚴守改革中各項紀律規定。

　　總後勤部部長趙克石指出，這輪改革是大幅度調整、整體性推進，有破有立、邊建邊改、上下聯動。要保證改革任務在後勤領域順暢推進完成。改革展開後，無論是後勤的調整組建還是各項供應保障，都會面臨新情況、新矛盾、新問題，做到多手准備、疏而不漏。

　　總裝備部部長張又俠強調，堅決維護中央改革決策部署的權威性、嚴肅性，做好轉隸交接工作，按照軍委明確的時間節點，確保機關部隊以新的領導關系和指揮關系順暢運行。