地震引发大规模山体滑坡、泥石流等二次灾害。熊本县东部山区南阿苏村地震后发生大规模山体滑坡，灾情严重。截至当地时间１７日１８时，仍有１１人下落不明。

　　因南阿苏村等重灾区灾情统计缓慢，灾区建筑物整体受损情况不明。据熊本县政府１６日统计，本次地震造成逾１７００栋建筑整体倒塌或半倒塌。

　　据熊本县政府统计，全县有约１１万人在７２３处避难所避难。据日本媒体报道，不少避难所水、食物供应短缺，有灾民称排了３小时队才领到物资，还有避难所灾民出现身体不适。

　　日本文化厅最新调查显示，熊本县有３４处文物古迹不同程度受损，包括熊本城、阿苏神社等国家重点历史文化遗址。

　　据日本媒体报道，九州地区交通网仍未恢复。熊本机场继续关闭，九州地区新干线继续全线停运。熊本港因设施受损邮轮线路停航。九州多条主干道仍有部分路段封闭，不少道路仍在抢修中，无法通行。

　　经抢修，灾区电力供应逐渐恢复，但仍有许多居民家中停水、停电。日本政府已出动大批水泵车和供电车赶赴灾区，解灾民燃眉之急。日本各大移动通讯运营商说，熊本和大分部分灾区手机仍难以打通。

　　日本气象厅说，此次连环强震伴随大量余震，尽管灾区１７日天气转晴，但灾民应继续防范山体滑坡等次生灾害。

　　中国驻福冈总领事李天然１６日晚在熊本县厅会见知事蒲岛郁夫，对日本方面在当前的地震救灾中对中国公民给予的帮助表示感谢。李天然还探望了在熊本市内避难的中国留学生。

　　１７日下午，总领馆帮助被困灾区的４２名中国留学生和３名来自德国、韩国、柬埔寨的留学生顺利离开灾区。此外，总领馆还帮助４名台湾同胞顺利离开地震灾区。