慧远的法性论和神不灭论奠定了中国佛教有神论的坚实基础。以往对慧远神不灭论的评论，大多集中在中国本土文化中的鬼神思想对神不灭论的影响，以及魏晋南北朝时期的形神关系大讨论，很少有人论及慧远神不灭论的“神”与中国本土文化中的“神”之区别。简要地讲，这区别就是，慧远的“神”是灵魂，而中国本土文化中的“神”是鬼魂。  

灵魂与鬼魂的区别，首先是抽象与具象的区别。中国本土文化中的鬼魂，通常没有形而上的意义，在古人的概念中，鬼魂是人的精气，以别与形成肉身的粗气。而灵魂却不是五大的因缘和合，是妙物，是慧远的法性，或者犊子部的补特伽罗，或者瑜伽行派的种子，总之是无为法。灵魂体质幽微，超越阴阳，非卦象所能图，不仅提升了中国传统文化的哲学品味，也提升了中国人的精神气质。  

其次，灵魂是业报的主体。中国本土文化在佛教传入之前是没有轮回观念的，从中国的丧葬文化和祭祖习俗中就可以看出，中国人的鬼魂观念还停留在原始宗教的形态，中国人事死如事生，人死既不是断灭，也不会重生，而是以另外一种形态，在另一个空间存续。另外，中国本土文化中虽然也有“报应”的观念，但中国人更多的是用“天人感应”来阐述善恶有报，且更多的是子孙报。

所以，慧远的神不灭论尽管在佛学理论上还略显粗糙，但它对中国本土文化来说，则不仅是顺应，而且是改造和提升，是创新。