科学是无国界的，但是科学的思维方式、思想方法是有根源的。我们总不能说科学的思想方法起源于中国哲学。
在人类社会的早期不管东方还是西方，首先都是进入自然宗教文化阶段。随后，中国的农耕文化对生命（人和植物）的系统观察形成了系统整体的思维方式，以及中国人对自然宗教的反思，建立起来一个以“易经”为核心的明智文化体系；而西方社会的游牧文化不仅没有对自然宗教反思，反而在自然宗教的基础上发展出来人为宗教。西方社会的游牧文化与中国的明智文化出现一个明显的分离，形成两个不同的文化体系。再后来，西方人开始对人为宗教反思，科学思想逐渐形成。科学思想在否认宗教、巫术、玄学的同时，也否认了神灵所占据的一部分物质世界；这一部分物质世界在中国哲学就是“元气世界”。中国人通过对元气的认识，建立了中医、针灸、气功这样一些学科。由于中国人对元气有一个清晰的认识，所以中国哲学不支持宗教思想的形成。而科学思想在否定上帝的时候也把中国人的“元气物质世界”也完全否定掉了，所以科学思想的宇宙观是有缺陷的。