万寿寺始建于唐朝，称聚瑟寺。明万历五年（1577年）重修，万历皇帝之母慈圣李太后出资，司礼监冯保督建而成，改名万寿寺，成为皇家寺庙。主要用做藏经卷，后经板、经卷移至番经厂和汉经厂，万寿寺便成为明代帝后游西湖（昆明湖）途中用膳和小憩的行宫。清朝时又经几次重修扩建，西路于乾隆朝时改为行宫，遂成为规模宏大的皇家重寺。清乾隆十六年和二十六年，清高宗弘历曾两次在这里为其母祝寿。清光绪二十年（1894年），慈禧太后重修万寿寺行宫，在西跨院增修了千佛阁和梳妆楼，形成最后格局。当年，慈禧往来于颐和园与紫禁城之间，都要在万寿寺拈香礼佛，在西跨院行宫吃茶点，故有小宁寿宫之称。1934年前后，万寿寺的前部曾辟为东北难民子弟学校。1985年，中路辟为北京艺术博物馆。

　　万寿寺深庭广厦，琼楼玉宇，雕梁画栋，极其宏丽。其间曲栏回廊，御书碑亭，青石假山，古道地宫，苍松翠柏错落有致，占地三万余平方米。寺内分东、中、西三路。中路为主体建筑，山门以内共七进院落，向北依次为天王殿、大雄宝殿（即大延寿殿）、万寿阁、大禅堂、御碑亭、无量寿佛殿、万寿楼等，各殿两侧有配殿配房。东路为方丈院和圃园，即僧人生活区。西路在乾隆年间改为行宫院。

　　寺庙前，长河奔流，旧时设有码头。每当春末夏初，帝王太后从紫禁城走水路到颐和园避暑，均在此驻跸下船稍事休息。

　　万寿寺山门上方，有清顺治二年御赐的石匾，上书“敕建护国万寿寺”。山门两侧的卡子墙、撇山影壁的砖雕，构图精细，为不可多得之艺术精品。两侧齐胸高的宇墙虎皮底座，朱墙白顶，色彩分明。

　　进得山门，便是天王殿。殿前左钟楼，右鼓楼。素有“钟王”之称的永乐大钟曾悬挂于此。乾隆八年，移至觉生寺（即大钟寺）。过天王殿是大雄宝殿，内有三世佛、十八罗汉、倒座观音泥塑像。两侧金柱上，有乾隆帝所书楹联：“戒慧光中烟云皆般若；清凉界外花石尽真如。”清大太监李莲英为了恭维慈禧，特意命人制作了一个面似慈禧的观音像，慈禧的“老佛爷”之名由此而得。现在，此座观音像还摆放在三世佛像的后边。

　　正殿之后的万寿阁是近年重修的，原阁于民国年间毁于火灾。阁后的大禅堂，为主持讲经说法之地。堂后假山叠石，松柏苍劲，皆为数百年之物。大禅堂后为最后一进院落，内有一片假山，象征普陀、峨眉、清凉佛教三山，山上有三大士殿，正殿为观音，左为文殊，右为普贤。山后有两株古银杏树分立两旁，饱经沧桑的虬干枝叶高耸入云。其后还有乾隆御碑亭、无量寿佛殿、光绪御碑亭、千佛阁等。无量佛殿两侧原有洋式门两座，建于清乾隆年间，与圆明园之西洋楼同龄，皆为中西结合之产物。隔门与西路的爬山游廊和亭阁相连，亦与东路长满树木的土山相通。

　　西路是行宫部分，为清乾隆年间修建，靠前部分有四小院落，被中间夹道一分为二。左为寿膳房，右为寿茶房，其后是皇帝、太后驻跸之行殿。行殿之后两侧有爬山游廊，通过小亭到后楼。相传，清末慈禧太后曾于此梳妆，故称“梳妆楼”。再后有大悲殿及配殿，院中有一井亭，是专为皇帝讲经之所。东路是方丈院。前部有大斋堂，大厨房及僧舍，中为斋堂、前宇、南房，斋堂之后为土山，最后是独院。