北京皇城是在元大都遗址上修建起来的。忽必烈进驻北京后建立新都，即元大都，元大都分三重，分别是大城、皇城和宫城。当时首先在全城确立中心点，定位大城城墙。元大都城墙即为左右对称，南边正门丽正门即在中轴线上。皇城坐落在中轴线上，也是左右对称的。但自皇城以北，中轴线向西偏斜2°。在这个偏斜中轴线上的地安门向西偏离子午线200多米，而偏斜的原因在于当时元大都以西以北方向至南面，有最后流经承天门前的金水河形成天然包围圈，东侧有新开通的通惠河作为皇城东界。这样，不需专门挖掘护城河，皇城四周基本上也已经是深水环绕。为了依靠此天然屏障，皇城修建时也就形成了西大东小的格局。而修建宫城时，也是要体现皇权至上的道理，因而也要修建在全城的中轴线上，这样，宫城就建在了皇城偏东南方向。

明朝在重修北京城时依旧保留了元朝的南北中轴线，因而明朝在修建皇城和宫城时其东西格局与元朝相比，不可能有多大变化。现在，除了在西南方凹进一角外，明清北京皇城基本按元代的中轴线对称，从卫星地图上看北京故宫可以明显发现其西斜，但北部偏斜的中轴线被矫正过来。