1. 《进化新解说》,跨世纪科学丛书,香港天地图书有限公司,1997年,ISBN 962-950-245-3。绝版。
2. 《法/轮/功解剖——一位海外学子的立场》,德先生茶馆丛书,湖南人民出版社,1999年8月,ISBN 7-5438-2065-X。绝版。
3. 《网路新语丝》(主编),网络文化丛书,河北人民出版社,2000年1月,ISBN 7-202-02682-1。绝版。
4. 《方舟在线》,北京理工大学出版社,2000年6月,ISBN 7-81045-702-0。绝版。
5. 《进化新篇章》,中国科普佳作精选,湖南教育出版社,2000年12月,ISBN 7-5355-3354-X。第三次印刷。预计2012年换出版社出新版。
6.《叩问生命——基因时代的争论》,天津教育出版社,2001年1月,ISBN 7-5309-3278-0。绝版。
7. 《溃疡——直面中国学术腐败》,海南出版社,2001年6月,ISBN 7-5443-0048-X。绝版。
8. 《长生的幻灭——衰老之谜》,看世界丛书,上海科学技术出版社,2002年11月,ISBN 7-5323-6718-5。绝版。
9. 《江山无限——方舟子历史随笔》,春秋文丛,福建人民出版社,2004年5月,ISBN 7-211-04722-4。2011年将换出版社出新版。
10. 《餐桌上的基因》,科学的眼睛丛书,少年儿童出版社,2005年4月,ISBN 7-5324-6503-9。绝版。
11. 《基因时代的恐慌与真相》,广西师范大学出版社,2005年8月,ISBN 7-5633-5436-0。绝版。
12. 《寻找生命的逻辑——生物学观念的发展》,上海交通大学出版社,2005年9月,ISBN 7-313-04005-9。绝版。
13.《科学成就健康》,新华出版社,2007年1月,ISBN 978-7-5011-7777-6。第三次印刷。绝版。
14.《批评中医》,中国协和医科大学出版社,2007年3月,ISBN 978-7-81072-876-8。第四次印刷。
15.《寻找生命的逻辑——生物学观念的发展(第二版)》,上海交通大学出版社,2007年6月,ISBN 978-7-313-04005-3。预计2012年换出版社出新版。
16.《食品转基因》(《餐桌上的基因》的再版),少年科学大讲堂丛书,少年儿童出版社,2007年8月,ISBN 978-7-5324-7295-6。
17.《方舟子破解世界之谜》,陕西师范大学出版社,2007年8月,ISBN:978-7-5613-3703-5。第三次印刷。2011年将换出版社出新版。
18.《方舟子带你走近科学》,陕西师范大学出版社,2007年11月,ISBN:978-7-5613-3805-6。2011年将换出版社出新版。
19.《你在吃补还是吃毒》,台湾八方出版社,2008年7月,ISBN:978-986-7024-49-7。
20.《爱因斯坦信上帝吗?——方舟子解读科学史著名谜团》,广西科学技术出版社,2009年8月,ISBN 978-7-80763-312-9/N-4。第三次印刷。
21.《奇妙的植物世界》(翻译),美国经典少儿百科知识全书,广西科学技术出版社,2009年6月,ISBN 978-7-80763-472-0
22.《神奇的动物世界》(翻译),美国经典少儿百科知识全书,广西科学技术出版社,2009年6月,ISBN 978-7-080763-473-7。第二次印刷。
23.《大象为什么不长毛》,海豚出版社,2010年9月,ISBN:978-7-5110-0327-0。第四次印刷。